В 1994 году создан Окружной медицинский колледж, ныне Ханты-Мансийская государственная медицинская академия.

Постановлением главы Администрации Ханты-Мансийского автономного округа А. В. Филипенко в Ханты-Мансийске создан Окружной медицинский колледж при Тюменском государственном медицинском институте. В 1999 году на базе колледжа создан Ханты-Мансийский государственный медицинский институт.

В 2005 году он реорганизован путем присоединения к нему старейшего образовательного учреждения автономного округа – Медицинского училища. В декабре 2009 года по результатам проведенной экспертизы образовательных программ институт аккредитован как государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования с установлением вида «академия».