5 декабря 1945 года в Ханты-Мансийске открыта школа № 3, в настоящее время – муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение «Средняя общеобразовательная школа с углубленным изучением отдельных предметов № 3».

Одно из старейших учебных заведений города. Решением исполкома Ханты-Мансийского госсовета введена в эксплуатацию по улице Комсомольской. До 1949 года не имела своего здания, занятия проходили по вечерам в помещении школы № 1. В 1949 году это здание передано школе № 3.

В 1979 году состоялось открытие здания школы по улице Калинина – самой большой средней школы города на тот момент. В 1989 году открыты классы с углубленным изучением математики и литературы.

С 2019 года школа № 3 является инновационной ассоциированной организацией межрегионального партнерства в пилотном проекте программы УНИТВИН/ЮНЕСКО по образованию для устойчивого развития «Межрегиональное сетевое партнерство: учимся жить устойчиво в глобальном мире. Экология. Здоровье. Безопасность».